В общем, я сделал все по инструкции, единственная штука, которую пришлось поменять для RKE2, это команда для добавления боунсера в ингресс:

helm -n kube-system upgrade -f crowdsec-ingress-bouncer.yaml rke2-ingress-nginx rke2-ingress-nginx --repo <https://rke2-charts.rancher.io>